″空间代谢组学″用于食管鳞状细胞癌早期筛查的研究
日期:2019-09-25

近几年代谢组学的研究如火如荼的开展,极大地促进了各学科的发展,如疾病诊断与治疗、营养学、环境毒理学、进化和发育及药物等;与此同时,质谱成像技术(mass spectrometry imaging, MSI)结合质谱分析和影像可视化,凭借其样本处理简单、能反应多种分子在空间上的分布及分子结构信息而受到高度的关注;尤其2004年Cooks等[1]将ESI源去掉封闭外壳,开发了常压敞开式解析电喷雾离子化(DESI)技术并成功用于质谱成像分析,更促进了MSI在临床医学、药学和植物学等领域的应用[2]。随后,空间代谢组学(Spatial Metabolomics)也应运而生,它将组学信息扩展到了二维乃至三维的水平,研究小分子在组织切片中的空间分布,告诉我们变化“在哪里发生”,从而极大拓展了人们对组学样品信息的认知[3-4]。

 

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由于DESI等离子化技术需要被测样品与采样锥孔之间非常近,才能保证足够高的灵敏度,而对于较大的组织样品,无法将样本放进离子化探针所在位置,难以将离子有效传输到质谱分析器进行高灵敏分析。鉴于此,药物所“天然药物活性物质与功能国家重点实验室”再帕尔阿不力孜教授课题组主导研发了新型敞开式空气动力辅助离子化(Airflow-assisted desorption electrospray ionization,AFADESI)及其质谱成像技术(AFADESI-MSI)技术,借助0.5米或更长的传输管,实现了远距离离子传输,放置样品的空间非常充裕,且可轻松调整位置(图1),并将该技术用于整体大鼠体内药物成像分析[5-6]和肿瘤生物标志物的原位筛查及免标记分子病理诊断的研究[7-8]。

 

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图1 AFADESI-IMS系统[5]

 

近期,再帕尔·阿不力孜教授又将AFADESI-MSI技术与传统免疫组织化学技术(Immunohistochemistry,IHC)进行结合,对256个患有食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)的病人的样品进行组织空间特异性的代谢组学分析,实现了对肿瘤相关的代谢物和代谢酶进行高通量分析,并将其研究成果发表在PNAS上[9]。

 

本期文献分享

Spatially resolved metabolomics to discover tumor-associated metabolic alterations. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2019 01 02;116(1)Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2019 01 02;116(1). IF=9.580

 

技术路线

 

为实现高通量原位检测与肿瘤相关的代谢物和代谢酶,课题组首先利用AFADESI-MSI技术获取不同组织(根据细胞类型和组成分为:癌症组织、上皮组织和肌肉组织)空间特定区域的代谢物轮廓,再结合PLS-DA模型获得ESCC和正常组织间的差异代谢物,随后通过代谢通路分析选出可能与ESCC相关的酶;最后通过IHC技术用癌旁组织对与ESCC相关的酶进样验证(图2)。

 

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图2 技术路线

   

 

通过该技术,能明显发现甘油磷脂、葡萄糖酸、嘧啶、组氨酸、脂肪酸、精胺和脯氨酸在癌症组织和正常组织中表达量的差异(图3)。

 

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图3 ESCC组织区域特异性空间分布图

进一步的通路分析表明,脯氨酸合成、组氨酸代谢、谷氨酰胺代谢和脂肪酸合成等代谢通路在ESCC患者中发生改变,最后通过IHC验证发现吡咯啉-5-羧酸还原酶2(PYCR2)、谷氨酰胺酶(GLS)、鸟苷磷酸化酶(UPase1)、组氨酸脱羧酶(HDC)、脂肪酸合成酶(FASN)和鸟氨酸脱羧酶(ODC)在癌症组织中发生了紊乱,尤其是PYCR2和UPase1首次发现在ESCC中异常表达(图4)。

 

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图4 谷氨酰胺代谢通路中代谢物和酶的空间分布图

 

最后,课题组又用36个新收集的样本进样验证,发现模型的准确率达到94.4%,且筛选的差异代谢物在不同组织样本上的分布仍有较高的特异性。

 

   

 

据报道[10],AFADESI-MSI的检测灵敏度达到pg级水平,含量动态范围跨越3个数量级,能检测出1500多个代谢物,同时也能精确表征与识别代谢物在组织亚区域的分布特征;而本文将其与IHC方法结合,为研究癌症的发病机制提供了代谢水平的分子依据,并为癌症的诊疗干预提供了新的潜在靶点。随着质谱成像技术、质谱成像可视化处理及定量等关键技术的不断突破,以MSI技术为基础的“空间代谢组学”也能为大家的研究提供新思路和新视角。

 

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参考文献

[1] Takáts Z, Wiseman JM, Gologan B, Cooks RG. Mass spectrometry sampling under ambient conditions with desorption electrospray ionization. Science, 2004, 306: 471–473.

[2] Manicke NE, Dill AL, Ifa DR, Cooks RG. High-resolution tissue imaging on an orbitrap mass spectrometer by desorption electrospray ionization mass spectrometry. J Mass Spectrom, 2010, 45: 223–226.

[3] Berin Boughton, Ute Roessner. Imaging Mass Spectrometry for Spatial Metabolomics. AUSTRALIAN BIOCHEMIST , Vol 46 No 3 December 2015.

[4] Benedikt K Geier, et al. Spatial metabolomics of in situ, host-microbe interactions. https://doi.org/10.1101/555045.

[5] He J, et al. Air flow assisted ionization for remote sampling of ambient mass spectrometry and its application. Rapid Commun Mass Spectrom. 2011 Apr 15;25(7):843-50.

[6] Luo Z, et al. Air flow-assisted ionization imaging mass spectrometry method for easy whole-body molecular imaging under ambient conditions. Anal Chem. 2013 Mar 5;85(5):2977-82.

[7] Tiegang Li, et al. In situ biomarker discovery and label-free molecular histopathological diagnosis of lung cancer by ambient mass spectrometry imaging. Sci Rep. 2015 Sep 25; 5:14089.

[8] Xinxin Mao et al. Application of imaging mass spectrometry for the molecular diagnosis of human breast tumors. Sci Rep. 2016 Feb 12; 6:21043.

[9] Sun C, et al. Spatially resolved metabolomics to discover tumor-associated metabolic alterations. Proc Natl Acad Sci U S A. 2019 Jan 2;116(1):52-57.
[10] Jiuming He, et al. A Sensitive and Wide Coverage Ambient Mass Spectrometry Imaging Method for Functional Metabolites Based Molecular Histology. Adv Sci (Weinh). 2018 Nov; 5(11): 1800250.

转载于 Biotree 阿趣代谢